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高一那年夏天，帆高离开位在离岛的家乡，独自一人来到东京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最后来到一间专门出版奇怪超自然刊物的出版社担任写手。不久，东京开始下起连日大雨，仿佛暗示着帆高不顺遂的未来，在这座繁忙城市里到处取材的帆高邂逅了与弟弟相依为命，不可思议的美少女阳菜。。人と共に八百万の神々が生きる神話の世界「天和国（アマワクニ）」。そこで劍神（ハヤガミ）を操る十二神鞘が起こした革命に巻き込まれたアラタは、秘女王殺しの罪を着せられ、逃げこんだ森で異世界（現代）へと飲み込まれる…　一方、現代の高校生・日ノ原革は友達に裏切られ、絶望の中、異世界へと迷い込む。そこで革は“アラタ”としての運命を譲り受け、劍神「創世（ツクヨ）」の後継者となる。 秘女王が絶命寸前となったために劍神の封印が解けた今、劍神の持ち主である鞘たちは、自らが大王（オオキミ）となるために闘いを繰り広げる。さらには十二神鞘の中でも謎とされる「六ノ鞘」が、秘女王の復活を阻止しようと動き出す。そんな中、鞘たちの闘いに巻き込まれて命を落とす人々を救うため、そして秘女王を救うため、革は「日輪ノ大王」となることを決意。「創世」の力で全ての劍神を束ね、闘いを終わらせる...。